个人简介：
代琦，博士、教授、博导，浙江省“万人计划”创新领军人才，浙江省高校领军人才高层次拔尖人才，浙江省“151”人才，浙江省高校中青年学科带头人。担任中国生物信息学学会（筹）理事，中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事，浙江省生物信息学学会常务理事，浙江数理医员工物医学大数据专委会副主任委员，浙江省生物信息学学会人工智能专委会副主任委员，浙江省生物信息学学会健康大数据与转化医学专委会副主任委员，国际期刊Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences编委。
重点开展三代测序、单细胞转录组、空间转录组、功能基因组分析、肿瘤早期分子诊断中的信息处理研究，设计和开发有效的生物医学组学数据处理技术，为重大疾病诊断与治疗提供技术支持。主持重点研发计划子课题1项，国家自然科学基金项目6项，省部级项目10余项。在Nature Communications、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等SCI 杂志上以第一作者或通信作者发表和录用论文60 余篇。
学习工作经历：
2000.09-2004.07 河南师范大学 本科学习
2004.09-2009.05 大连理工大学 博士学习
2009.05-2011.02 杭州电子科技大学 教师
2011.02-至今 太阳成集团tyc151cc 教师
2014.02-2015.02 美国德州大学 访问学者
主要学术及社会兼职：
中国生物信息学学会（筹）理事
中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事
浙江省生物信息学学会常务理事
浙江数理医员工物医学大数据专委会副主任委员
浙江省生物信息学学会人工智能专委会副主任委员
浙江省生物信息学学会健康大数据与转化医学专委会副主任委员
浙江省生物信息学学会微生物专委会副主任委员
国际期刊Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences编委
奖励荣誉：
2023年9月获中国纺织工业联合会纺织高等公司产品成果奖二等奖
2022年1月入选省高层次人才特殊支持计划科技创新领军人才
2021年9月获中国纺织工业联合会纺织高等公司产品成果奖三等奖
2020年8月入选省高校“领军人才培养计划”高层次拔尖人才
2018年3月获河北省自然科学三等奖
2017年10月获省自然科学奖三等奖
2016年6月获省高校第九届青年教师教学技能竞赛一等奖
2016年3月被评为校先进工作者
2014年3月获校华鼎教育基金奖教金
2013年5月入选省高等学校中青年学科带头人
2012年入选校“521”拔尖人才
2011年10月入选省“151”人才第三层次
项目情况：
基于图神经网络和因果推断的脓毒症免疫细胞识别与抑制调控网络构建算法研究，国家自然科学基金面上项目，2026.01-2029.12，主持.
基于靶标组学的复方用药 AI 药效评估与智能推荐系统的开发及应用，国家重点研发计划生物与信息融合，2024.01-2026.12，主持.
基于单分子实时测序的全基因组DNA甲基化多步修正识别模型研究，国家自然科学基金面上项目， 2022.01-2025.12，主持.
浙江省“万人计划”创新领军人才（代琦）， 浙江省科技厅， 2022.01-2024.12，主持.
面向宜居乡村分散式污水与垃圾治理的动态监测技术及装备研发， 浙江省科技厅， 2021.01-2023.12，主持.
耐药性条件致病菌基因组岛的多尺度识别模型研究，国家自然科学基金面上项目，2018.01-2021.12，主持.
宫颈癌HPV计算机辅助分型系统研究， 浙江省科技厅， 2015.06-2017.06，主持.
联合序列结构特征和临床信息的多步修正宫颈癌HPV分型模型研究，国家自然科学基金青年-面上连续项目，2014.01-2017.12，主持.
与肿瘤蛋白质结构、功能有关的信息处理问题研究，国家自然科学基金面上项目，2012.01-2015.12，主持.
面向宫颈癌HPV分型模型的生物序列比较及分类方法研究，国家自然科学基金青年项目，2011.01-2013.12，主持.
成果（论文/专利）：
Chen H, Qian Y, Dai Q*, Zheng YF, Zheng ZC, Shi ZX. Analyzing cell-type-specific isoform expression using IsoDiffR and long-read single-cell RNA sequencing. Bioinformatics. 2026, 42(1):btaf664.
Xiong P, Chen H, Zhou J, Zeng Y, Dai Q*. MGRL-DDI: Multiview Graph Representation Learning for Accurate Drug-Drug Interaction Prediction. J Chem Inf Model. 2025, 65(18):9800-9814.
Zhang W, Yu R, Ding C, Jiang M, Dai Q*. STAD-CoAtt: Integration of Evolving Gene Graphs in the Assessment of Neuropathological Stages Using Spatiotemporal Representations of Brain Transcriptomics Data. IEEE Trans Comput Biol Bioinform. 2025, 22(6):2882-2894.
Haolong Zeng, Chaoyi Yin, Chunyangc Chai, Yuezhu Wang, Qi Dai*, Huiyan Sun. Cancer gene identification through integrating causal prompting large language model with omics data–driven causal inference. Briefings in Bioinformatics, 2025, 26(2), bbaf113.
Ye QIAN, Hu CHEN, Yuni ZENG, Qi DAI*. MEGI: a comprehensive annotation dataset of mobile elements for genomic island detection. Front. Comput. Sci., 2025, 19(7): 197914.
Zhang Wei, Wu Chenjun, Xing Feiyang, Jiang Mingfeng, Zhang Yixuan, Liu Qi, Shi Zhuoxing, Dai Qi*. scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(2): 1–15.
Wei Zhang, Yu Ruochen, Xu Zeqi, Li Junnan, Gao Wenhao, Mingfeng Jiang, Dai Qi*. scCompressSA: dual‑channel self‑attention based deep autoencoder model for single‑cell clustering by compressing gene–gene interactions. BMC Genomics, 2024, 25: 423.
Qi Dai*, Hu Chen, Wen-Jing Yi, Jia-Ning Zhao, Wei Zhang, Ping-An He, Xiao-Qing Liu, Ying-Feng Zheng, Zhuo-Xing Shi. Precision DNA methylation typing via hierarchical clustering of Nanopore current signals and attention-based neural network. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(6), bbae596.
Xiangting Guo, Yichu Guo, Hu Chen, Xiaoqing Liu, Pingan He, Wenshu Li, Michael Q. Zhang, Qi Dai*. Systematic comparison of genome information processing and boundary recognition tools used for genomic island detection. Computers in Biology and Medicine, 2023, 166: 107550.
Zhenyu Yang, Wenjing Yi, Jin Tao, Xiaoqing Liu, Michael Q. Zhang, Guiqian Chen and Qi Dai*. HPVMD-C: a disease-based mutation database of human papillomavirus in China. Database, 2022, 2022(2022), 1–8.
Chen Y, Nie F, Xie SQ, Zheng YF, Dai Q+, Bray T, Wang YX, Xing JF, Huang ZJ, Wang DP, He LJ, Luo F, Wang JX, Liu YZ, Xiao CL. Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction. Nat Commun. 2021 Jan 4;12(1):60.
员工培养情况：
培养博士生2名，硕士生48名，本科生23名。指导员工获全国老员工生命科学竞赛（科学探究类）一等奖、浙江省第十八届“挑战杯”老员工课外学术科技作品竞赛铜奖等多项。
